Мне кажется, проблема в том, что вы используете шаблон генерации кода, чтобы получить классы сущностей из модели.
Если вы хотите использовать EntityFramework.Migrations, вы должны изменить свой подход к Code First.
Что вы можете сделать, это скопировать все классы сущностей, сгенерированные из шаблона T4, в другую папку, удалить модель (EDMX) и другие файлы T4, а затем добавить классы сущностей, которые вы резервировали ранее, в свой проект.