Уровень совместимости PyPy C API не будет работать с SWIG.Основная причина в том, что SWIG использует внутренние API-интерфейсы и работает с C-структурами без использования APis.Я предполагаю, что SWIG можно исправить, но пока этого не было.
Вам бы пришлось перекомпилировать его, если бы он работал, но он все равно не будет работать.