Если вы посмотрите на AvalonDockView.g.cs (или AvalongDockView.g.vb) в папке obj ваших проектов, вы увидите основную проблему.
По сути, вы получите что-то вроде:
using Main.AvalonDock.Views {
internal AvalonDock.DockablePane leftDockablePane;
// ...
}
Используя спецификации разрешения типа C #, AvalonDock преобразуется в ваше пространство имен, а не в пространство сборки AvalonDock.