Есть хорошая статья на Что на самом деле означает AnyCPU в .NET 4.5 и Visual Studio 11 .
Короткий ответ на ваш вопрос: «При использовании этого варианта AnyCPU,семантика следующая:
Если процесс выполняется в 32-разрядной системе Windows, он выполняется как 32-разрядный процесс. IL компилируется в машинный код x86. Если процесс выполняется в 64-разрядном режимеСистема Windows, она работает как 32-разрядный процесс. IL компилируется в машинный код x86. Если процесс выполняется в системе ARM Windows, он запускается как 32-разрядный процесс. IL компилируется в машинный код ARM.тогда между «Любой 32-битный процессор предпочтительнее» и «x86» только так: приложение .NET, скомпилированное для x86, не сможет работать в системе ARM Windows, но приложение «Любой 32-битный процессор» будет успешно запущено. "