Немного JQuery, вероятно, может помочь вам в этом. Хотя base href работает как нужно, если вы хотите, чтобы ваши ссылки, начинающиеся с якоря (#), были полностью относительными, вы можете перехватить все ссылки, проверить свойство href для тех, которые начинаются с #, и перестроить их, используя текущий URL.
$(document).ready(function () {
var pathname = window.location.href;
$('a').each(function () {
var link = $(this).attr('href');
if (link.substr(0,1) == "#") {
$(this).attr('href', pathname + link);
}
});
}