Я нашел проблему. Оказывается, в iOS есть ошибка для iPad, когда он возвращает полную ширину устройства вместо ширины просмотра во всплывающем окне. jQuery имеет поведение по умолчанию для получения содержимого области просмотра с использованием ширины устройства.
Мне удалось переопределить поведение jQuery по умолчанию, добавив другой файл javascript, связанный между ссылкой jquery и мобильной ссылкой jquery. Этот файл содержал следующее:
$(document).bind("mobileinit", function(){
$.mobile.metaViewportContent = "width=320, minimum-scale=1, maximum-scale=1";
});
Работает как шарм!