Вероятно, это полностью зависит от системы, но вы можете использовать System.nanotime();
System.out.println("/proc/uptime " + new Scanner(new FileInputStream("/proc/uptime")).next());
System.out.println("System.nanoTime " + System.nanoTime() / 1e9);
печать
/proc/uptime 265671.85
System.nanoTime 265671.854834206
Предупреждение. Это вряд ли будет работать на всех платформах.