Вы можете сделать что-то вроде этого
<zip destfile="tmp.jar" >
<zipfileset src="lib/myjar.jar" excludes="org/example/My*.class" />
<zipfileset dir="bin" includes="org/example/My*.class" />
</zip>
<move file="tmp.jar" tofile="lib/myjar.jar"/>
В этом примере мы создаем tmp.jar, используя myjar.jar в качестве источника, но исключая все классы, начинающиеся с My в каталоге org / example. Затем мы добавляем нашу новую версию из каталога bin. Затем мы заменяем файл jar нашей новой версией.