У вас установлено несколько версий SVN, например, ViewSVN использует / usr / bin / svn, тогда как вы используете / usr / local / bin / svn или что-то подобное?
[ EDIT ]
Я не знаю JavaSVN, но, возможно, он ведет себя по-разному, когда запускается разными пользователями. Возможно, он не загружает дополнительные плагины, необходимые для работы с разными протоколами. У вас есть суперпользовательский доступ к вашей машине? Попробуйте запустить проверку из командной строки как пользователь веб-сервера:
su nobody
svn checkout https://...