Похоже, вы хотите представить некоторые из ваших схем приложений в качестве службы WCF. Это можно сделать с помощью мастера публикации служб WCF, который можно найти в меню программ BizTalk (из «Все программы»).
Если это так, и вам нужны дальнейшие указания, ответьте на это через комментарий, и я израсходую этот ответ.