В вашей Java-программе вы вызываете
Process md5Process = Runtime.getRuntime().exec(command.toString());
command, в данном случае это скрипт Perl, который печатает несколько строк текста.
command
Как мне прочитать эти 2 строкивнутри моей Java-программы?
md5Process.getInputStream()
и
md5Process .getErrorStream()
как описано в http://download.oracle.com/javase/6/docs/api/java/lang/Process.html