Я не верю, что есть задача Ant для манипулирования записями zip-файла на месте. Даже Java API не поддерживает пошаговое изменение zip-файлов, см. http://bugs.sun.com/bugdatabase/view_bug.do?bug_id=4129445.
Однако вы можете просто распаковать все, переименовать нужный файл, а затем снова заархивировать его:
<mkdir dir="tmp" />
<unzip src="src.zip" dest="tmp" />
<move file="tmp/src.txt" tofile="tmp/dest.txt" />
<zip destfile="dest.zip" basedir="tmp" />