Это должно работать:
plot(x =density(data1, from= range(c(data1, data2))[1],
to=range(c(data1, data2))[2] )$x,
y= density(data1, from= range(c(data1, data2))[1],
to=range(c(data1, data2))[2] )$y-
density(data2, from= range(c(data1, data2))[1],
to=range(c(data1, data2))[2] )$y )
Хитрость заключается в том, чтобы обеспечить одинаковые пределы плотности.Затем вы можете отобразить их различия в одних и тех же местах. Мое понимание необходимости идентичных пределов происходит из-за ошибки, заключающейся в том, что вы не сделали этого шага, ответив на похожий вопрос о Rhelp несколько лет назад .Жаль, что я не смог вспомнить правильные аргументы.