Нет прямого способа сделать это.Вам нужно создать собственную версию Windows для всего вашего собственного кода (сам по себе, плюс все зависимости).
Другие варианты включают, если возможно, написание всего вашего кода в Linux, включая часть C # (с использованием * 1003).* Mono ).Или создавая какую-то настройку клиент / сервер, где ваш собственный код остается в Linux (как серверное приложение), а ваш код на C # - на Windows-клиенте.Если это жизнеспособное решение для вас, трудно сказать без дальнейших подробностей.