Под взаимозависимостью я надеюсь, что вы не имеете в виду, что у вас есть круговые зависимости.Это было бы большим НЕТ!
Если ваши зависимости не являются циклическими, то я не вижу никаких проблем.Вам все равно понадобятся все эти jar-файлы в classpath среды выполнения, чтобы запустить программу.Чего следует избегать, так это иметь некоторые прямые зависимости в коде проекта A от библиотеки "old_library_still_needed_by_project_B_but_that_should_not_be_used_anymore.jar", используемой проектом B, но для этого есть инструменты анализа статического кода Java (которые могут проверять некоторые классы или пакеты)никогда не используются внутри исходного кода проекта), как CheckStyle и PMD.