Если вы использовали метод на связанных страницах, чтобы сжать ваш сайт, он не окажет никакого влияния на сценарии, так как они не запускаются через PHP. Вам нужно либо:
1) настроить ваш веб-сервер по выбору (apache2 использует mod_deflate)
2) обслуживайте ваши файлы .js через php:
<?php ob_start('ob_gzhandler'); echo file_get_contents('whatever.js'); ?>