Что вы пытаетесь удалить? Файл или весь проект Eclipse?
Если вы просто пытаетесь удалить файл, вы можете сделать это из Eclipse. Удалите файл, перейдите в Team -> Synchronize with Repository и доставьте удаление. (Если вы используете PROJECTS, а не STREAMS, сначала убедитесь, что вы отменили извлечение файла).
Если вы пытаетесь удалить весь проект Eclipse, вы должны сделать это из Desktop Client. Щелкните правой кнопкой мыши файл .ecl в представлении «Папки и элементы», выберите «Связать / Разблокировать» и отмените его связь с проектом CM (если вы используете Streams, это немного сложнее; см. Ниже).