Пара предложений для отладки:
1) Создайте новый проект.Возможно, что-то в вашем проекте повреждено.
2) Создать новое рабочее пространство.Вероятно, это не проблема, но иногда рабочие области повреждаются, особенно при обновлении Flex / Flashbuilder.
3) Убедитесь, что вы используете обновленную версию FLex-builder, которая теперь называется Flashbuilder.Flashbuilder 4.5 довольно стабильный, по моему опыту.