Непонятно из вопроса, что именно вы хотели бы сделать, но вы можете извлечь определенные столбцы из обеих таблиц следующим образом:
SELECT Venues.*, Users.username FROM Venues INNER JOIN Users ON...
, который позволит вам извлечь только столбец «username» из «Users».
Объединение всегда оставляет вас с массивом строк, если вам нужно что-то еще, вам, вероятно, придется манипулировать данными, как только вы получите их в PHP, если я не понял вашего вопроса.
Примерно так получилось бы, что пользователь получил бы все места с именем пользователя в качестве ключа массива:
$venuesByUser = array();
foreach ($query->result() as $row) {
$venuesByUser[$row->username][] = $row;
}