Вы можете использовать PrincipalContext класс:
public bool UserExistsInAd(string username)
{
using (var pc = new PrincipalContext(ContextType.Domain))
{
var up = UserPrincipal.FindByIdentity(pc, IdentityType.SamAccountName, username);
return up != null;
}
}
Очевидно, что учетная запись, для которой вы настроили приложение ASP.NET MVC 3 для запуска в IIS, должна иметь достаточные права для доступа к Active Drectory.