Все, что находится внутри каталога obj, является промежуточными артефактами сборки, которые можно безопасно удалить в любое время.
Все, что находится в папке bin, является конечным результатом всего процесса сборки.
ClickOnce по умолчанию публикует все конечные артефакты сборки, за исключением файла символов. Вы можете изменить то, что публикуется на вкладке «Публикация» в свойствах проекта.