Вы можете попробовать это (хотя мне не удалось воспроизвести ваше сообщение об ошибке, используя код, который вы разместили, поэтому, возможно, эта моя безошибочная версия может также дать вам сообщение об ошибке ...):
my $file = `find $search_dir -name "\*.ssf" -print -exec head -n 1 {} \\;`;
Вот пример выходных данных, которые я получил от тестового прогона:
./tmp1.ssf
HEADER PROTEIN 21-FEB-11 1PDB
НТН