К сожалению, MessageBox довольно ограничен в своей функциональности.Вы можете получить системный значок из класса Display и затем установить его в метке:
final Image warningImage = getShell().getDisplay().getSystemImage(SWT.ICON_WARNING);
final Label imageLabel = new Label(dialogArea, SWT.NONE);
imageLabel.setImage(image);