Если вы изменяете таблицу автоматического приращения, загружаемую в UITableView, я предполагаю, что вы сортируете кортежи и помещаете их в объект массива источника данных, содержимое таблицы которого находится в правильном порядке для делегата источника данных.
Таким образом, вы не можете соотнести индекс из массива источника данных в памяти с идентификатором в таблице sqlite3 после того, как вы изменили таблицу.Это проблема, которую вы описываете?
Простой обходной путь - получить идентификатор из кортежа и сделать этот идентификатор доступным для метода удаления, чтобы он мог выполнять удаление на основе этого идентификатора.