Чтобы ограничить процесс создания заказа администратора только для конфигурируемых, вам нужно добавить фильтр типа продукта в коллекцию, которую использует класс Mage_Adminhtml_Block_Sales_Order_Create_Search_Grid.
$collection->addFieldToFilter('type_id','configurable');
Это может быть выполнено различными способами, будь то с помощью перезаписи блока, используя изящную перезапись имени класса на основе конфигурации Magento, или с помощью наблюдателя (последний способ является предпочтительным).
Оставьте комментарий, если вам нужна помощь с наблюдателем или перепишите конфигурацию.