Это показывает, что вы включаете модуль morphia дважды. Однажды в application.conf. И второй раз, как я полагаю в файле зависимостей.
10:20:53,056 WARN ~ Declaring modules in application.conf is deprecated. Use dependencies.yml instead (module.morphia)
10:20:53,060 INFO ~ Module morphia is available (/home/user/play-1.2.2/modules/morphia-1.2.1beta6)
10:20:53,062 INFO ~ Module morphia is available (/home/user/play-1.2.2/modules/morphia-1.2.1beta6)
Проверьте ваш файл dependencies.yml в папке conf вашего проекта, там должно быть
Элемент "- morphia" или "- play -> morphia".
Поскольку первое теперь устарело, вам, вероятно, следует исключить следующее:
module.morphia=../morphia