Кто реализует процесс рукопожатия 3way (syn - syn + ack - ack), тот
операционная система (ядро) авто, разработчик приложения?
Не приложение, конечно. Это сделано, но реализация части стека TCP / IP вашей ОС
В веб-сервере <-> среда веб-браузера была запрограммирована Apache
отправить пакет SYN + ACK по прибытии или пакет SYN?
Серверы приложений используют базовые средства ОС для сетевого взаимодействия. Часть, которую вы описываете, полностью сделана реализацией TCP / IP ОС
Я знаю, как отправить необработанный пакет
Да, но при отправке необработанного пакета вы можете только «сформировать» данные в кадре, которые обычно не «видны» / недоступны. Вы не определяете поток или не имеете другого элемента управления.