используйте, где найти индекс нозеров в H, и используйте индекс, чтобы получить координату:
import numpy as np
x = np.random.random(1000)
y = np.random.random(1000)
z = np.random.random(1000)
nbins = 10
H, [bx, by, bz]=np.histogramdd((x,y,z),bins=(nbins,nbins,nbins),range=((0,1),(0,1),(0,1)))
ix, iy, iz = np.where(H)
for t in zip(bx[ix], by[iy], bz[iz], H[ix,iy,iz]):
print t