Вы не делаете прямых подключений к удаленным базам данных. Что вы будете делать, так это создать веб-сервис, который находится на том же сервере, что и база данных, и предоставляет к нему интерфейс. Таким образом, iPhone общается с веб-службой (возможно, используя NSURLConnection), а веб-служба общается с базой данных.
И да, Core Data всегда лучше, чем Sqlite.