Вы не можете сделать это для других пользователей, как объяснил maxedison.
Однако вы можете установить в браузер что-то, называемое network.protocol-handler
, javascript может вызвать это, и он может работать как угодно.
Например, в Firefox создайте ключ network.protocol-handler.app.foo
и установите значение для исполняемого файла, который вы хотите запустить.Если вы перейдете к foo://blah
, то исполняемый файл будет работать со значением blah
в качестве параметра.
Конечно, вы не можете сделать это на чужой машине, но вы можете на своей собственной.