(я не могу просмотреть предоставленную вами ссылку, поскольку она заблокирована websense, поэтому, если я повторяю что-либо, я извиняюсь)
Звучит так, как будто у вас есть утечка загрузчика классов.Их трудно отследить, добавьте эти параметры в параметры JVM в конфигурации вашего экземпляра
-XX:+PrintGCDetails
-XX:+TraceClassUnloading
-XX:+TraceClassLoading
Теперь, когда вы запускаете свое приложение, вы можете посмотреть файл jvm.log, расположенный в папке вашего домена / logs ипосмотрим что загружается и выгружается.Скорее всего, вы увидите, что один и тот же класс (ы) загружаются снова и снова.
Хорошим виновником является JAXB, особенно если вы создаете новый JAXBContext снова и снова.