Это зависит от ограничений вашего проекта. В большинстве случаев проекты Flex подключаются к существующим базам данных, и в компании уже применяются некоторые серверные технологии. Если вы поделитесь своими ограничениями, мы сможем дать вам более реалистичный совет.
Если у вас нет ограничений, я могу порекомендовать вам использовать GraniteDS . Я никогда не использовал это сам, но люди говорят, что это здорово.