Предыдущий ответ содержал небольшую ошибку, где он включал бы класс с / перед, вот обновленный код
foreach ($finder as $file) {
$path = substr($file->getRealpath(), strrpos($file->getRealpath(), "src") + 4);
$parts = explode('/', $path);
$class = array_pop($parts);
$namespace = implode('\\', $parts);
$class = $namespace.'\\'.$class;
//remove first slash
$class = substr($class, 1, -4);
$bundles[] = new $class();
}