Учитывая вашу информацию, я предполагаю, что Пользователь является владельцем. Я не знаю, настроил ли ты профиль на сохранение пользователя ...
if (is_null($user->getProfile()) {
$profile = new \Foo\BarBundle\Entity\Profile();
$em->persist($profile);
$user->setProfile($profile);
} else $profile = $user->getProfile();
$profile->setBarBaz('barbaz');
$profile->setFooBaz('foobaz');
$em->flush();
Это хорошо?
Или DQL (я так не делал, могут быть синтаксические ошибки):
$qb = $em->createQueryBuilder();
$result = $qb->update('Foo\BarBundle\Entity\Profile', 'p')
->set('barBaz', 'barbaz')
->set('fooBaz', 'foobaz')
->where('p.user_id = ?1')->setParameter(1, $user->getId())
->getQuery()
->getResult();