Вы действительно добавили это. Возможно, вы набрали не то и не поняли (например, git add -A вместо git add -u, -A выбирает новые файлы, тогда как -u выбирает только измененные). Если вы хотите избежать подобных проблем в будущем, вы, возможно, захотите использовать git diff --cached перед тем, как подтвердить, что вы собираетесь совершить, или git show после того, как подтвердите, что ваш коммит перед вами толкни его куда угодно. Также обратите внимание, что редактор сообщения о фиксации покажет сводку файлов, включенных в фиксацию, так что вы можете проверить это и убедиться, что в нем нет файлов, которые вы не намеревались зафиксировать.