svg теперь имеет поддержку от ie9. canvas поддерживается в большинстве современных браузеров, а css поддерживается всеми.
svg обладает тем преимуществом, что его можно масштабировать («изображение» является векторной картой, поэтому пользователь может иметь его в любом размере, который он предпочитает), но производительность рендеринга beeing немного дерьмовая. Вы можете привязать некоторые события к элементам ..
холст похож на GDLib или ImageMagick, у вас есть белый лист, на который можно наносить график. Поэтому, если вы вносите изменения, вам сначала нужно очистить холст и перерисовать все. Вы не знаете, на какой элемент щелкнул пользователь, и можете связывать события только для всего элемента canvas.
Использование HTML и DOM с CSS было бы альтернативой, поскольку вы просто можете начать перемещать элементы сети arround и связывать события с узлами вашей сети. Но строки довольно сложно реализовать (можно использовать повернутый div с верхней границей)
Лично я бы выбрал гибрид между svg и обычным html, но опять же, я не знаю всех вариантов использования вашего приложения.