Как вызвать несколько функций Bash, используя | в питоне

Question

Я использую научное программное обеспечение (называемое vasp), которое работает только в bash, и использую Python для создания сценария, который будет выполнять несколько прогонов для меня.Когда я использую subprocess.check_call для нормального вызова функции, она работает нормально, но когда я добавляю '|tee tee_output 'это не работает.

subprocess.check_call('vasp') #this works
subprocess.check_call('vasp | tee tee_output') #this doesn't

Я новичок в питоне и программировании в целом.

Answer 1

Попробуй это.Он выполняет команду (передаваемую в виде строки) через оболочку вместо непосредственного выполнения команды.(Это эквивалентно вызову самой оболочки с флагом -c, т.е. Popen(['/bin/sh', '-c', args[0], args[1], ...])):

subprocess.check_call('vasp | tee tee_output', shell=True)

Но обратите внимание на предупреждение в документах об этом методе.

Answer 2

Не используйте shell = True, у него много дыр в безопасности.Вместо этого сделайте что-то вроде этого

cmd1 = ['vasp']
cmd2 = ['tee', 'tee_output']

runcmd = subprocess.Popen(cmd1, stdout=subprocess.PIPE)
runcmd2 = subprocess.Popen(cmd2, stdin=runcmd.stdout, stdout=subprocess.PIPE)

runcmd2.communicate()

Я знаю, что это дольше, но гораздо безопаснее.

Answer 3

Вы можете сделать это:

vasp = subprocess.Popen('vasp', stdout=subprocess.PIPE)
subprocess.check_call(('tee', 'tee_output'), stdin=vasp.stdout)

Обычно это безопаснее, чем использовать shell=True, особенно если вы не можете доверять вводу.

Обратите внимание, что check_call провериткод возврата tee, а не vasp, чтобы увидеть, должен ли он поднять CalledProcessError.(Метод shell=True будет делать то же самое, поскольку он соответствует поведению конвейера оболочки.) Если вы хотите, вы можете проверить код возврата vasp самостоятельно, вызвав vasp.poll().(Другой метод не позволит вам сделать это.)

Answer 4

Более подробную информацию вы можете найти в документации: http://docs.python.org/library/pipes.html

Просто добавьте больше строк к t объекту