Вы можете использовать JavaLayer для декодирования mp3 в wav.Вырезать 40-секундный клип из wav не должно быть проблемой.
Здесь вы можете найти некоторые советы о микшировании стерео и моно: http://www.jsresources.org/examples/SingleChannelStereoConverter.html
Преобразование 16-битного звука в 8-bit просто удаляет старшие 8 бит: Преобразование 16-битного pcm в 8 бит
EDIT : Подробнее об извлечении 40-секундных частей:
Выходные данные декодера представляют собой образцы PCM.если ваш вход 16-битный стерео 44100 Гц, то каждый кадр 16 бит * 2 канала = 4 байта, каждая секунда 44100 * 4 байта.Пропустите столько выходных байтов, сколько вам нужно, до начала нужной части, затем сбросьте 44100 * 4 * 40 байт за 40 секунд.Вы даже можете микшировать в моно, а затем сокращать до 8 бит по ходу.