В одной из ваших подпапок, которые не развертываются, щелкните правой кнопкой мыши по каждому файлу и проверьте его свойства: Build Action и Copy to Output Directory. Убедитесь, что для действия построения установлено значение «Содержимое», а для параметра «Копировать в выходной каталог» - «Всегда копировать» (или «Копировать, если новее»). Быстрый способ изменить все свойства файла состоит в том, чтобы выделить их все, а затем щелкнуть правой кнопкой мыши свойства, которые изменят все их значения за один раз.
Я предвосхищу этот ответ следующим образом: я предполагаю, что проект веб-развертывания похож на развертывание одним щелчком, на чем я основываю свой ответ:)