Вы говорите «опубликовано», так что я предполагаю, что это развертывание ClickOnce.
Один из моментов автоматизированного развертывания ClickOnce (по крайней мере, на VS2008) заключается в том, что он не принимает автоматическизависимости любых проектов, на которые вы ссылаетесь в проекте, из которого вы публикуете, - вы должны вручную добавить ссылки в ваш основной проект, затем они будут добавлены в манифест, а затем развернуты на клиентских компьютерах после установки.
Надеюсь, это поможет.