Вы пускаете в ход как stdout, так и stderr? Если нет, напишите тому, кто вам не нужен :)
, например
print STDERR "This goes to standard error";
print STDOUT "This goes to standard output";
(Если вы не предоставляете дескриптор, STDOUT, конечно, используется по умолчанию - если вы не попросили Perl использовать другой дескриптор по умолчанию ...)