НЕПРОВЕРЕНО Попробуйте это:
SELECT Name FROM table ORDER BY IFNULL(Manager,id), IFNULL(Manager,0), Name
Я думаю, это соберет вас всех менеджеров, которые будут сгруппированы вместе, а менеджеры будут стоять перед своими сотрудниками, которых нужно отсортировать по имени. К сожалению, в настоящее время я не могу добраться до экземпляра сервера MySQL для тестирования.