В верхней части вашего Makefile добавьте строку:
LDLIBS = -lcs50
Если вы используете стандартные (неявные) правила Make для сборки, то это все, что вам нужно сделать. Если вы используете явные правила, вам нужно добавить $ (LDLIBS) к вашим явным правилам.
Если Makefile отсутствует, тогда make использует правила по умолчанию, и вы можете просто создать make-файл с
echo LDLIBS = -lcs50 > Makefile
или укажите make для связи с определенными библиотеками, указав в среде необходимые библиотеки в LDLIBS. Например, если вы используете оболочку, производную от sh (что-либо, кроме csh или tcsh), вы можете сделать:
LDLIBS=-lcs50 make target
Если вы используете вариант csh, вы можете сделать:
env LDLIBS=-lcs50 make target
или просто сделайте (опять же, для оболочек не-csh)
export LDLIBS=-lcs50
перед запуском make. (Для вариантов csh выполните setenv LDLIBS -lcs50)