В вашем случае не Foo, а сущность, на которую он ссылается, была изменена, поэтому нет необходимости в увеличении версии.
@ Version добавляет возможность оптимистической блокировки к сущности, и ее не следует использоватьв качестве счетчика изменений.Основная цель этой аннотации - обнаружение конфликтующих обновлений, поэтому дважды подумайте, прежде чем делать это.
Единственный способ переопределить это поведение - использовать [OPTIMISTIC |Пессимистический] _FORCE_INCREMENT