Вопросу около трех лет, но я приземлился здесь, когда искал тот же вопрос. Поздно я узнал, что это возможно:
Используйте
sqlite3.exe MainDB.db
ATTACH DATABASE 'SomeTableFile.db' AS stf;
Доступ к таблице из другого файла базы данных
SELECT * FROM stf.SomeTable;
Вы даже можете объединить несколько файлов
SELECT *
FROM MainTable mt
JOIN stf.SomeTable st
ON (mt.id = st.mt_id);
https://www.sqlite.org/lang_attach.html
tameera сказал, что существует ограничение в 62 подключенных базы данных, но я никогда не достиг этого предела, поэтому не могу подтвердить это.
Большим преимуществом помимо некоторых особых случаев является то, что вы ограничиваете фрагментацию в файлах базы данных и можете использовать команду VACUUM отдельно для каждой таблицы!