Если вы действительно используете BDB в своей базе данных MySQL, убедитесь, что в вашем my.cnf нет skip-bdb. Большинство установок отключают его (и отключают таким образом) по умолчанию.
Berkeley DB очень скоро исчезнет в MySQL, поэтому, если вы его используете, я бы рекомендовал вам перейти на InnoDB (или, по крайней мере, MyISAM).