У меня тоже была эта проблема.На некоторых хостах это работает:
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|robots\.txt)
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
Обратите внимание, что я просто удалил косую черту перед index.php в строке 3.
Другое решение - добавить RewriteBase в блок., вот так:
RewriteEngine on
RewriteBase /path/to/app
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|robots\.txt)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]
Наконец, если вы получите 500 ошибок из них, вы можете попробовать эту технику, которая работает на большинстве серверов, которые я пробовал: http://codeigniter.com/wiki/Dreamhost_.htaccess/