Пакетный файл - это текстовый файл, поэтому вы можете сделать:
string[] lines = File.ReadAllLines(filename);
Или, если хотите читать лениво (доступно в .net 4):
IEnumerable<string> lines=File.ReadLines(filename);
Нопоскольку пакетные файлы обычно довольно малы, я бы, скорее всего, использовал ReadAllLines
.
Если вы хотите, чтобы аргументы командной строки передавались в ваше приложение, вы получаете их, используя Environment.GetCommandLineArgs