Из моего ответа на другую проблему, связанную с Raphael / IE:
Вы пробовали использовать Raphael 2.0 ?Я думаю, что он все еще находится на стадии бета-тестирования, но обнаружил, что у него улучшены возможности VML.
Также обязательно протестируйте поведение браузера с несжатой версией Raphael, так как минимизированные версии, похоже, имеют ошибки.Вместо этого я использовал Packer от Дина Эдвардса , который дал мне сжатую и свободную от ошибок версию библиотеки.