Позвольте MySQL работать в течение 72+ часов (без перезапуска), а затем загрузите и запустите MySQL Tuner:
(как корень)
cd ~/
wget http://www.mysqltuner.pl/ -O ./mysqltuner.pl
chmod +x ./mysqltuner.pl
./mysqltuner.pl
Это даст вам хорошее представление о том, что вы можете сделать, чтобы улучшить производительность в зависимости от вашего фактического использования и потребностей. После того, как вы сделаете твики, вам нужно перезапустить MySQL, а затем дать ему еще 48-72 часа, прежде чем снова запускать тюнер, чтобы посмотреть, есть ли более тонкая настройка, которую вы можете сделать.